Home Epigenetics DNA Methyltransferase inhibitor RG108 (N-Phthalyl-L-Tryptophan)

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RG108 (N-Phthalyl-L-Tryptophan) DNMT Inhibitor

Kat.-Nr.: S2821

RG108 (N-Phthalyl-L-tryptophan) is an inhibitor of DNA methyltransferase with IC50 of 115 nM in a cell-free assay, does not cause trapping of covalent enzymes.
RG108 (N-Phthalyl-L-Tryptophan) DNA Methyltransferase inhibitor Chemical Structure

Chemische Struktur

Molekulargewicht: 334.33

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Qualitätskontrolle (Quality Control)

Charge: Reinheit: 99.82%
99.82

Zellkultur, Behandlung & Arbeitskonzentration
(Cell Culture, Treatment & Working Concentration)

Zelllinien Assay-Typ Konzentration Inkubationszeit Formulierung Aktivitätsbeschreibung PMID
human THP1 cells Function assay Inhibition of ACAT-mediated esterified cholesterol accumulation in human THP1 cells exposed to acetyl-LDL during differentiation assessed as effect on foam cell formation, IC50=1.5 μM 18620381
human HepG2 cells Function assay Inhibition of ACAT in human HepG2 cells, IC50=0.479 μM 19167888
rat macrophages Function assay 24 h Inhibition of ACAT in rat macrophages assessed as incorporation of extracellular [3H]-oleic acid-BSA complex into the intracellular cholesteryl ester after 24 hrs, IC50=0.479 μM 19464189
MCF7 Apoptosis assay 10 uM 6 hrs Induction of apoptosis in human MCF7 cells assessed as apoptotic cells at 10 uM after 6 hrs by FITC-Annexin V/propidium iodide staining-based FACS analysis relative to control 25801160
MCF7 Apoptosis assay 10 uM 6 hrs Induction of apoptosis in human MCF7 cells assessed as dead cells at 10 uM after 6 hrs by FITC-Annexin V/propidium iodide staining-based FACS analysis relative to control 25801160
MCF7 Function assay 100 uM 1 hr Competitive inhibition of DNMT1 in (S)-Methyl 2-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)-3-(5-(prop-2-yn-1-yloxy)-1H-indol-3-yl)propanoate labeled human MCF7 cells at 100 uM preincubated for 1 hr followed by cell labeling for 30 mins and clicked with TER-PE 25801160
MCF7 Function assay 50 to 500 uM 1 hr Competitive inhibition of DNMT1 in (S)-Methyl 2-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)-3-(5-(prop-2-yn-1-yloxy)-1H-indol-3-yl)propanoate labeled human MCF7 cells at 50 to 500 uM preincubated for 1 hr followed by cell labeling for 1 hr and clicked with TER 25801160
SK-N-MC qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for SK-N-MC cells 29435139
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Chemische Informationen, Lagerung & Stabilität (Chemical Information, Storage & Stability)

Molekulargewicht 334.33 Formel

C19H14N2O4

 Lagerung (Ab dem Eingangsdatum)
CAS-Nr. 48208-26-0 SDF herunterladen Lagerung von Stammlösungen

Synonyme N-Phthalyl-L-tryptophan Smiles C1=CC=C2C(=C1)C(=O)N(C2=O)C(CC3=CNC4=CC=CC=C43)C(=O)O

Löslichkeit (Solubility)

In vitro
Charge:

DMSO : 66 mg/mL (197.4 mM)
(Feuchtigkeitskontaminiertes DMSO kann die Löslichkeit verringern. Verwenden Sie frisches, wasserfreies DMSO.)

Ethanol : 66 mg/mL

Water : Insoluble

Molaritätsrechner

Masse Konzentration Volumen Molekulargewicht
Verdünnungsrechner Molekulargewichtsrechner

In vivo
Charge:

In-vivo-Formulierungsrechner (Klare Lösung)

Schritt 1: Geben Sie die untenstehenden Informationen ein (Empfohlen: Ein zusätzliches Tier zur Berücksichtigung von Verlusten während des Experiments)

mg/kg g μL

Schritt 2: Geben Sie die In-vivo-Formulierung ein (Dies ist nur der Rechner, keine Formulierung. Bitte kontaktieren Sie uns zuerst, wenn es im Abschnitt "Löslichkeit" keine In-vivo-Formulierung gibt.)

% DMSO % % Tween 80 % ddH2O
%DMSO %

Berechnungsergebnisse:

Arbeitskonzentration: mg/ml;

Methode zur Herstellung der DMSO-Stammlösung: mg Wirkstoff vorgelöst in μL DMSO ( Konzentration der Stammlösung mg/mL, Bitte kontaktieren Sie uns zuerst, wenn die Konzentration die DMSO-Löslichkeit der Wirkstoffcharge überschreitet. )

Methode zur Herstellung der In-vivo-Formulierung: Nehmen Sie μL DMSO Stammlösung, dann hinzufügenμL PEG300, mischen und klären, dann hinzufügenμL Tween 80, mischen und klären, dann hinzufügen μL ddH2O, mischen und klären.

Methode zur Herstellung der In-vivo-Formulierung: Nehmen Sie μL DMSO Stammlösung, dann hinzufügen μL Maisöl, mischen und klären.

Hinweis: 1. Bitte stellen Sie sicher, dass die Flüssigkeit klar ist, bevor Sie das nächste Lösungsmittel hinzufügen.
2. Achten Sie darauf, das/die Lösungsmittel der Reihe nach hinzuzufügen. Sie müssen sicherstellen, dass die bei der vorherigen Zugabe erhaltene Lösung eine klare Lösung ist, bevor Sie mit der Zugabe des nächsten Lösungsmittels fortfahren. Physikalische Methoden wie Vortex, Ultraschall oder ein heißes Wasserbad können zur Unterstützung des Lösens verwendet werden.

Wirkmechanismus (Mechanism of Action)

Targets/IC50/Ki
DNA methyltransferase
(Cell-free assay)
115 nM
In vitro
RG108 effectively blocks DNA methyltransferases in vitro and does not cause covalent enzyme trapping in human cell lines. Incubation of cells with low micromolar concentrations of this compound results in significant demethylation of genomic DNA without any detectable toxicity. Intriguingly, it causes demethylation and reactivation of tumor suppressor genes, but it does not affect the methylation of centromeric satellite sequences. In another study, the synthesis and in vitro analysis of a biotinylated conjugate of this chemical is investigated to evaluate the interactions with DNA methyltransferase enzymes. In a recent study, it is shown this compound can significantly reduce the DNA methyltransferases activity in SM derived iPS cells as compared to the native SMs.
Kinase-Assay
In-vitro-Methylierungsassay
Die Substrat-DNA für den In-vitro-Methylierungsassay ist ein 798 bp Fragment (−423/+375 relativ zum Initiationskodon) aus der Promotorregion des menschlichen p16Ink4a-Gens. Die Methylierungsreaktion enthält 350 bis 400 ng Substrat-DNA und 4 Einheiten M.SssI-Methylase (0,5 μM) in einem Endvolumen von 50 μL. Diese Verbindung wird zu Endkonzentrationen von 10, 100, 200 und 500 μM hinzugefügt. Die Reaktionen werden bei 37 °C für 2 Stunden durchgeführt. Nach Abschluss wird die Reaktion bei 65 °C für 15 Minuten inaktiviert und die DNA mit einem PCR-Reinigungskit gereinigt. Dreihundert Nanogramm gereinigter DNA werden 3 Stunden lang bei 60 °C mit 30 Einheiten BstUI verdaut und auf 2% Tris-Borat-EDTA-Agarosegelen analysiert.
Literatur